Documentos presentados por WhatsApp en su demanda contra NSO Group revelan que, entre el 29 de abril y el 10 de mayo de 2019, al inicio del gobierno de Andrés Manuel López Obrador, al menos 456 números telefónicos mexicanos fueron espiados mediante el software Pegasus. Esta cifra representa el 37% de los 1,233 teléfonos intervenidos globalmente durante ese periodo, siendo México el país con más víctimas de este tipo de espionaje. El malware aprovechó una vulnerabilidad en WhatsApp para infectar dispositivos, una brecha que fue corregida el 13 de mayo de 2019.
A pesar de que López Obrador criticó el uso de Pegasus durante el gobierno anterior, su administración también empleó este software, argumentando que se utilizó para labores de “investigación” y no de espionaje. NSO Group confirmó que México es uno de sus clientes, y se ha vinculado el uso de Pegasus al Centro Militar de Inteligencia, presuntamente parte de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena), aunque las autoridades han negado la existencia de dicha unidad. En 2022, se documentó que Pegasus infectó los teléfonos de defensores del caso Ayotzinapa, lo que generó preocupación entre organizaciones de derechos humanos.
Organizaciones como la Red en Defensa de los Derechos Digitales (R3D) han señalado que estas revelaciones muestran por primera vez la magnitud del espionaje estatal en México. Aunque el presidente López Obrador ha negado que su gobierno espíe a opositores, periodistas o activistas, y ha insistido en que se realizan labores de inteligencia distintas al espionaje, las pruebas presentadas en el juicio de WhatsApp y Facebook contradicen estas afirmaciones. Además, la administración actual reservó información clave sobre los contratos relacionados con Pegasus por cinco años, lo que ha sido criticado por organizaciones defensoras de los derechos humanos.
